残業代に２年（２０２０年４月１日分から３年）の消滅時効があることは知っていますが、その消滅時効のカウントがリセットされることはありますか？

　
はい、消滅時効のカウントがリセットされることはあります。
これを消滅時効の更新と言います。民法改正前はこのことを「中断」と呼んでいましたが一般の方に分かりにくい表現でしたので、分かりやすいように「更新」としています。

この更新事由は次のとおりです。
　①　裁判等で判決等が確定したとき（民法１４７条２項・１項）
　②　強制執行等が終了したとき（民法１４８条２項本文・１項）
　③　債務者（残業代の場合は会社）による権利の承認（民法１５２条１項）

これにより消滅時効が更新すると、民法１６６条１項に従い新たな消滅時効がスタートします。
これら①から③がされれば残業代請求における債権者である労働者は残業代請求が権利行使可能であることを知っているので、同項１号が適用され５年の消滅時効となります。
　

　
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