残業代に２年（２０２０年４月１日分から３年）の消滅時効があることは知っていますが、その消滅時効のカウントが止められることはありますか？

　
はい、消滅時効のカウントが止められることはあります。
民法上、そのことを消滅時効の完成猶予と言います。２０２０年４月１日の民法改正の前は停止と言われていました。

消滅時効の完成猶予には次の６つがあります。
　①　裁判上の請求等があった場合、それが終了するまで（民法１４７条１項）。
　②　強制執行等があった場合、それが終了するまで（民法１４８条１項）。
　③　仮差押え等があった場合、終了から６ヶ月まで（民法１４９条）。
　④　催告があった場合、それから６ヶ月まで（民法１５０条１項）。
　⑤　協議する合意が書面でされた場合、(a) １年、(b) 定められたそれより短い期間、(c) 協議続行拒絶の通知から６ヶ月のうち最も短い期間（民法１５１条１項）。
　⑥　消滅時効期間満了時に天災があり①②ができない場合、天災が止んでから３ヶ月（民法１６１条）
　

　
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