出勤停止の懲戒処分とした従業員の給与をその出勤停止分減額しても良いですか？

　
はい、ノーワークノーペイの原則どおり出勤停止した分の給与を減額しても構いません。

給与の減額ができなくなるのは、この出勤停止の懲戒処分が懲戒権の濫用として無効とされた場合です（労働契約法１５条参照）。
懲戒解雇、諭旨解雇ほどではないにせよ出勤停止の懲戒処分はそこそこ重い懲戒処分です。ご質問の場合は既に懲戒処分済みですが、今後出勤停止の懲戒処分をする場合には改めて注意深く懲戒処分手続きを進めて処分内容を決定してください。
　

　
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