セクハラ被害を訴えてきた従業員がいましたので調査をしていたところ、その従業員が退職届を出してきました。この場合の会社の法的なリスクを教えてください。

　
これはなかなか難しい問題です。
セクハラの事実があったかなかったかは調査中なので分かりませんが、事実無根でなければ何かはあったわけで、それを理由とした退職となると会社としてもスッキリしないところだと思います。

セクハラに該当する事実があったとすると、会社には職場環境を適正に保つ義務違反、つまり安全配慮義務違反が問われる可能性があり、その従業員に対して損害賠償義務を負う可能性があります。

既に起こってしまった事実は変えられませんので、発覚後の対応を最善なものにしましょう。
退職したい従業員を引き留めることは難しいのでその退職の意思は尊重しつつ、調査完了後にセクハラの事実が発覚したら、加害者とその従業員が顔を合わせず電話・メールでのやり取りもしないで済むように配置転換することを提案してみましょう。つまり精一杯の配慮を示すのです。
セクハラの申告後の会社の対応が配慮に欠けるものであれば、その従業員が受けた精神的損害が拡大することになり、損害賠償額が増大して法的リスクが高まります。

調査の結果セクハラの事実があったことが分かれば、加害者に対して懲戒処分を検討し何らかの罰を与えましょう。セクハラの態様によっては懲戒解雇も視野に入れるべきです。
加害者に対する適正な懲戒罰は起こってしまったセクハラに対して適切に対処したことになりますので、重要な対応です。
　

　
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