いくつかのレストランを経営しています。店長の１人が退職時に売上金プラスアルファを持ち出し「未払残業代を支払ってもらえればお返しします。」との書置きを残しました。未払残業代の額は持ち出し額より少ないはずです。このようなことが許されるのでしょうか？

　
ご質問のような従業員による退職時の金員の持ち出しは横領罪又は窃盗罪に当たります。
未払残業代があるからと言ってそのような犯罪行為に出ることは許されません。

また、未払残業代の額は会社と従業員とで一致することは少ないためそれを確定させなければこの紛争は解決しません。

一つの考えとしてこの従業員に弁護士を就けさせるのが良いです。
なぜなら、いまこの従業員が持っている売上金プラスアルファは犯罪行為によって得たものですので、弁護士が付いたらまずは返還してから話を進めるということになりやすいからです。

弁護士が就かず一向に返還しない場合には、警察への告訴を検討しましょう。
そのうえで最後通告として「直ちに返還しない場合には警察へ告訴する。直ちに返還するのであれば未払残業代について話し合いをする。」と通告するのです。
そうやってこの従業員を揺さぶって早期に売上金プラスアルファを返還させましょう。

売上金プラスアルファを返還しないままだとこの従業員は犯罪者のままであり、犯罪者と交渉などできません。
こうした厳しい態度を持たなければ相手の思うがままに話し合いが進んでしまうのです。
交渉は最低でも同じ土俵でやり取りをしなければなりません。
相手にお金を持ち逃げされた状態では、会社はそれを回収することとセットで未払残業代についての話し合いを強いられ不利です。
そこでまず売上金プラスアルファを返還させることがご質問の場合は最優先事項です。
　

　
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