退職代行会社から会社に電話がありました。言われるとおりに従業員の退職手続きをしても良いですか？

退職代行会社の言うままに退職手続きをすることはお勧めいたしません。

退職したいという意思が本人のものかを確認するまでは退職手続きは進めないようにしてください。
実際に本人が退職したいというのであればそれを止めることはできません。
ただ、他人が成りすまして退職代行会社に依頼する可能性もありますので、その退職代行会社に対して「退職届を送るよう本人に伝えてくれ」と伝えましょう。
本人の署名押印のある退職届があり本人が休み続けているのであれば本人の退職の意思があると思われますので、退職手続きを進めることができます。

重要な引継ぎ事項がある場合には、電話、メール、LINEなどで直接連絡してどのように引き継ぐかを話し合いましょう。
退職代行会社から「本人に連絡しないでください」と言われても関係ありません。退職代行会社は代理人ではなくあくまでも使者なので本人が使者として使うことまでは許容できても、会社が使者に連絡する必要などないのです。
相当に重要な事項が引き継がれなければ会社業務が停滞しますので、もし本人が連絡に応じなければ配達証明付き内容証明郵便を送り重大性を伝えて応じさせましょう。
　

　
この回答をご覧になっても解決に至らない場合には、お気軽にお問い合わせください。