店舗の冷凍庫の電源を誤って切った従業員がいます。冷凍庫の中身はすべてダメになったのでその従業員に注意するとともに、同じことがあれば損害を賠償することを約束させたいのですが良いでしょうか？

お気持ちは分かりますがそのような損害賠償を約束させることは禁止されています（労働基準法１６条）。
このような損害賠償の予定が禁止されているのは、会社に都合の悪い行為について損害賠償を予定することで従業員の退職の自由が奪われるからです。

なおご質問からは少し離れますが、今回のミスについては損害賠償をさせない前提のようです。冷蔵庫の中身の価値が相当高額である場合は別途損害賠償請求の可否について考えらえますが、通常の範囲の価値の食品であればご質問のケースのように損害賠償させないのが無難です。

全額損害賠償請求ができる場合は、わざと中身をダメにするために冷凍庫の電源を切ったような場合に限られます。
　

　
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