就業規則でセクハラ・パワハラなどのハラスメントの通報窓口を社内にしても良いでしょうか？　また、通報窓口はどのように設定するべきでしょうか？従業員２０人ほどの会社なのですが…。

　
はい、構いません。

２０人ほどの会社ですと部署よりも個人を通報窓口とする方が良いでしょう。
そして業務執行に深く関わっている人よりも会社から距離を置いて社長にも物申せるくらいの人が適切です。
また、ハラスメントの訴えについて我慢するべきなど精神論だけで答えそうな人は除外してください。
ハラスメントの事実があったとしてその事実を握りつぶさず事実の調査を開始できるよう手続きを進められる人が適任です。

そうすると、例えば監査役、顧問などが適切です。これらの役職者は具体的な業務執行はほとんどなく会社から距離を置いたポジションで社長にも物申せることが多いです。

もし適切な人がいなければ信頼できる外部弁護士に委託するのも一つです。
何も起こらなければ費用は定額で済むと思います。

なお、通報窓口本人がハラスメントをする可能性がありますので、「その場合には代表取締役を通報窓口とする。」などと定めてバックアップ体制を作ってください。
　

　
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