労使間のルールとして就業規則がありそれをどう適用するかが争われますが、賃金規程や退職金規程などはどういう位置づけなのでしょうか？

　
就業規則は労使間のルールの中核として知られていますので良くも悪くも労働紛争が起こるたびに頻出します。
賃金規程や退職金規程は通常就業規則を受けて賃金や退職金についての詳細を定める規程です。

例えば就業規則では大まかに賃金について定めておいて、「なお、賃金についての詳細は賃金規程による。」とします。
そして、賃金規程では「第１条　就業規則〇〇条に基づき従業員の賃金について定める。」とします。
このように就業規則と賃金規程を繋げることで一体化させ賃金規程も就業規則の一部となります。

就業規則は従業員に周知しなければ有効となりませんが、賃金規程も同時に周知しておかなければ賃金規程については無効とされますので、周知する場合は同時にしてください。
　

　
この回答をご覧になっても解決に至らない場合には、お気軽にお問い合わせください。