妊娠中の従業員には絶対に残業をさせてはならないのでしょうか？

　
絶対に、ということではありません。

妊婦本人からの申し出があった場合、時間的な観点で妊婦にさせてはならないことを見ましょう。
　①１日８時間を超える時間外労働
　②２２時から翌５時までの深夜労働
　③休日労働

妊婦に残業をさせてはならないという場合の残業とはこの①を指します。
したがって、所定労働時間が６時間の場合に７時間労働すると１時間の残業と言いますが、この場合１日８時間を超えていませんので妊婦の労働時間についての規制には引っ掛かりません。

もっとも、この規制は妊婦本人からの申し出があった場合です。
妊婦本人からの申し出がない場合はこの規制はかかりません。

しかし、１日８時間を超えて２２時以降に休日もなく働かせて体調不良引いては流産となれば会社としても本意ではないでしょうし、会社の法的責任も問われかねません。
規制がないからどのようにでも働かせても良いわけではなく、従業員それぞれに見合った働き方をさせる安全配慮義務が会社にはあります。

したがって、仮に妊婦本人からの申し出がなかったとしても、これら①から③の規制を会社は率先して守った方が良いかと思います。
　

　
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