契約社員が期間満了を待たずに退職したいと言ってきました。契約社員には期間満了まで働く義務があるので退職できないのではないでしょうか？

　
確かに期間を定めて雇用した契約社員は期間満了まで働く義務があるのが原則です。
しかし民法６２８条第一文は、契約社員などの有期雇用であってもやむを得ない理由があればただちに退職できると定めています。

まずはその「やむを得ない理由」とは何かを尋ねてみてください。
それにより退職を受け入れるかどうかを判断しましょう。
とは言え、退職したいという従業員をいつまでも引き留めることは不可能です。働きたくない者を雇い続けても会社のためにならないので互いに気持ちよく退職できるようにしましょう。

その「やむを得ない理由」が単にやる気を失ったなど理由になってないこともあるかと思います。
その場合でもやる気を失ったのですから引き留めないようにしましょう。
ただし、「やむを得ない理由」が従業員によるものであれば会社は従業員に対して損害賠償請求をすることができます（民法６２８条第二文）。
理由らしい理由なくすぐに退職してしまうと損害賠償請求をせざるを得なくなる可能性を穏やかに伝えて、引継ぎに必要な期間以降に退職するように話し合うことです。その期間の目安は２週間から１ヶ月です。
　

　
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